Selama hidupnya, KH. Hasan menikah sebanyak 7 kali. Namun, ia tak pernah melanggar syariat dengan tetap memiliki 4 istri. Sehingga, ketika salah satu istrinya meninggal, KH. Hasan baru menikah lagi dengan wanita lain.
KH. Hasan memiliki 3 orang putra dari pernikahannya, yaitu KH. Achmad Nachrowi Syamsuri (Nun Syamsuri), KH. Asnawi (Nun Asnawi), dan KH. Muhammad Hasan Saifurrizal (Nun Aksan). Dari ketiga putranya, tinggal bungsunya yang akan meneruskan perjuangan ayahnya. Kedua kakaknya telah wafat mendahului ayahnya.
Dari ketiga putranya, lahirlah banyak ulama dan wali besar seperti KH. Abdul Jalil Nachrowi (Nun Abdul Jalil), KH. Sholeh Abdul Kalim Nachrowi (Nun Kalim), KH. Achmad Tuhfah Nachrowi (Nun Tuhfah), KH. Muhammad Hasan Saiful Islam (Nun Bing), KH. Muhammad Hasan Abdel Barr (Nun Bang), dan masih banyak lagi.
KH. Hasan wafat di Genggong pada tahun 1955 dan dimakamkan di dalam pesantren. Hingga kini, makamnya masih sangat ramai dikunjungi peziarah.
Setelah kematiannya, pesantren dikelola oleh keluarga KH. Muhammad Hasan Saifurrizal. Saat ini, pesantren tersebut telah memiliki area yang sangat luas dan santri dari berbagai penjuru Indonesia, bahkan dunia.
