Sultan Agung benar-benar mengantarkan Mataram ke puncak keagungan. Ia menjadikannya sebagai kesultanan yang paling disegani di Jawa. Bahkan, kedigdayaannya terdengar hingga negeri seberang. Walaupun begitu, Sultan Agung terkadang melakukan cara licik dalam menaklukkan wilayah.
Diriwayatkan ketika Sultan Agung menaklukkan Giri Kedaton dan Surabaya, ia meracuni saluran air di wilayah tersebut sehingga menimbulkan epidemi. Selain itu, ia mengadu domba pemimpin Giri Kedaton dengan saudara jauhnya, Pangeran Pekik. Sehingga, penaklukan berlangsung jauh lebih mudah dan cepat.
Selain itu, Sultan Agung sangat menjunjung tinggi feodalisme. Ia menstratifikasi masyarakat Jawa yang egaliter dengan menciptakan Basa Krama yang digunakan masyarakat Jawa hingga saat ini.
Pada 1628, Sultan Agung menyerang Batavia (sekarang Jakarta) yang telah dikuasai VOC. Tumenggung Bahureksa dan Dipati Ukur menjadi komandan pertempuran. Namun, hingga 1629, Mataram justru mengalami kekalahan telak dari VOC. Kedua komandan tersebut akhirnya dipenggal oleh Sultan Agung setelah gagal meraih kemenangan.
Setelah kematian Sultan Agung, terjadi persaingan antara 2 putra mahkota, Syahwawrat (Pangeran Alit) dan Sayyidin (Pangeran Arya). Syahwawrat lebih dicintai masyarakat karena berakhlak mulia. Sedangkan, masa muda Sayyidin penuh dengan permasalahan. Ia pernah memerkosa istri Tumenggung Wiraguna sehingga sempat diusir dari Mataram.
Setelah bermacam propaganda yang dilancarkan oleh ibunda Sayyidin, Ratu Ayu Batang, Sayyidin diangkat sebagai sultan dengan gelar Amangkurat. Penobatan ini menimbulkan kekecewaan masyarakat, terutama Syahwawrat. Bahkan, Syahwawrat sempat melancarkan pemberontakan. Namun, ia akhirnya terbunuh oleh Sayyidin.
Amangkurat memimpin dengan tangan besi, namun bermental pecundang. Ia pernah membunuh 6.000 ulama dan santri karena diduga berkonspirasi untuk menjatuhkannya. Bahkan, ia tak segan membunuh istri dan anaknya apabila tak mematuhi perintahnya. Sehingga, VOC akhirnya memanfaatkan momen tersebut untuk menguasai Mataram.
