Pada 28 September 2000, pemimpin oposisi Israel Ariel Sharon dan sebuah delegasi yang dijaga oleh ratusan polisi anti huru hara Israel memasuki kantor polisi. Hal ini memicu protes dan tindakan keras dari pihak berwenang Israel, dengan banyak korban jiwa. Banyak Muslim di seluruh dunia menganggap hal ini sebagai “penodaan” terhadap masjid suci, dan peristiwa ini turut menyulut Intifada Kedua, atau pemberontakan Palestina.
Sejumlah insiden lain antara pasukan Israel dan jamaah telah terjadi di Al-Aqsa dalam beberapa tahun terakhir. Akses yang terkendali ke situs tersebut mengingatkan warga Palestina akan ketidakberdayaan mereka dalam sengketa tanah yang sedang berlangsung dengan pihak berwenang Israel. Pada saat yang sama, serangan di Al-Aqsa beresonansi dengan Muslim di seluruh dunia yang bereaksi dengan ngeri terhadap apa yang mereka lihat sebagai penodaan terhadap salah satu situs paling suci mereka.
