Pembangunan pemukiman dimulai di Tepi Barat dan Jalur Gaza yang diduduki. Sistem dua tingkat diciptakan dengan pemukim Yahudi diberikan semua hak dan keistimewaan sebagai warga negara Israel, sementara warga Palestina harus hidup di bawah pendudukan militer yang mendiskriminasi mereka dan melarang segala bentuk ekspresi politik atau sipil.
Intifada pertama 1987-1993
Intifada Palestina pertama meletus di Jalur Gaza pada bulan Desember 1987 setelah empat orang Palestina terbunuh ketika sebuah truk Israel bertabrakan dengan dua mobil van yang mengangkut para pekerja Palestina. Protes menyebar dengan cepat ke Tepi Barat dengan para pemuda Palestina yang melempari tank-tank dan tentara Israel dengan batu. Hal ini juga menyebabkan berdirinya gerakan Hamas, sebuah cabang dari Ikhwanul Muslimin yang terlibat dalam perlawanan bersenjata melawan pendudukan Israel.
Tanggapan keras tentara Israel terangkum dalam kebijakan “Patahkan Tulang Mereka” yang dianjurkan oleh Menteri Pertahanan saat itu, Yitzhak Rabin. Kebijakan ini mencakup pembunuhan tanpa pengadilan, penutupan universitas, deportasi para aktivis, dan penghancuran rumah-rumah. Intifada terutama dilakukan oleh kaum muda dan diarahkan oleh Kepemimpinan Nasional Bersatu untuk Pemberontakan, sebuah koalisi faksi-faksi politik Palestina yang berkomitmen untuk mengakhiri pendudukan Israel dan membangun kemerdekaan Palestina. Pada tahun 1988, Liga Arab mengakui PLO sebagai satu-satunya perwakilan rakyat Palestina.