Selain Konflik Internal, pada masa pemerintahan Sultan Trenggono Portugis berniat mendirikan benteng dan kantor di Sunda Kelapa. Pada tahun 1522 Sultan Trenggono mengirimkan tentara Demak yang dipimpin oleh Fatahillah untuk menaklukkan Sunda Kelapa dan mengusir Portugis.
Serangan tersebut sukses melumpuhkan Portugis. Setelah Sunda Kelapa berhasil dikuasai, namanya diganti menjadi Jayakarta yang berarti kemenangan. Setelah jatuhnya Sunda Kelapa ke kekuasaan Demak, selanjutnya Sultan Trenggono berusaha meluaskan daerahnya ke timur.
Maka beberapa daerah pun ditaklukkan. Ketika penyerbuan sampai di daerah Pasuruan, Sultan Trenggono tewas dalam pertempuran pada tahun 1546. Sepeninggal Sultan Trenggono, Kerajaan Demak menjadi kacau karena dilanda perang saudara. Pertentangan terjadi di kalangan keluarga raja antara Pangeran Prawoto dengan Arya Penangsang.
Pertentangan berakhir setelah Arya Penangsang terbunuh dalam peperangan melawan Pangeran Hadiwijaya. Akhirnya Kerajaan Demak dipindahkan ke pedalaman yang berpusat di Pajang, dekat Kartasura.
