Pada 1582 M, meletus perang antara Kerajaan Pajang dan Kerajaan Mataram Islam. Pasukan Pajang yang jumlahnya lebih banyak harus menderita kekalahan. Jaka Tingkir semakin tergoncang saat mendengar Gunung Merapi tiba-tiba meletus dan laharnya ikut menerjang pasukan Pajang. Ia pun meminta pasukannya untuk mundur.
Dalam perjalanan kembali ke Pajang, Jaka Tingkir singgah di makam Sunan Tembayat. Setelah melanjutkan perjalanan, ia jatuh dari gajah tunggangannya sehingga ia harus diusung dengan tandu hingga tiba di Pajang.
Sesampainya di Pajang, sakitnya bertambah parah. Saat itu pula ia berwasiat agar anak-anak dan menantunya jangan ada yang membenci Sutawijaya, karena perang antara Pajang dan Mataram ia yakini sebagai takdir.
Selain itu, ia sudah menganggap Sutawijaya sebagai anaknya sendiri. Tak lama berselang, tepatnya tahun 1582, Jaka Tingkir meninggal dunia. Ia dimakamkan di Desa Butuh yang merupakan kampung halaman ibunya.
