Pada 1991, al-Habib Abdullah wafat di usia 56 tahun. Ia dimakamkan di sebelah makam ayahnya di TPU Kasin, Klojen. Hingga kini makamnya masih ramai diziarahi. Bahkan, peringatan wafatnya selalu ramai dikunjungi umat dari berbagai negara setiap tahunnya.
Sepeninggal keduanya, Pesantren Dar al-Hadits al-Faqihiyyah kini diasuh oleh 3 putra al-Habib Abdullah dengan istrinya, al-Hubabah asy-Syarifah Azizah al-Jufri, yakni al-Habib Abdul Qadir, al-Habib Muhammad, dan al-Habib Abdurrahman. Ketiganya merupakan generasi baru ahli hadis yang saat ini berusaha mempertahankan kejayaan para leluhurnya.
Kedua ahli hadis tersebut mengajarkan bagaimana kita harus giat dalam menimba ilmu serta memperindah tata krama kita kepada guru. Tanpa adanya guru, tentu takkan ada ulama seperti keduanya.
Wallahu a’lam bishawwab.
