734
Harun akhirnya memenjarakan Musa di Penjara Sindi bin Syahik di Baghdad. Di sana, ia terus didesak untuk tunduk pada pemerintahan yang lalim. Namun, berulang kali juga ia menolak.
Sindi akhirnya membunuh Musa atas perintah Harun. Pembunuhan tersebut terjadi pada tahun 183 Hijriah. Musa tewas di usia yang sama dengan usia dimana Rasulullah meninggal dunia. Jenazahnya dimakamkan di Masjid al-Kadzimiah.
Musa menikah dengan wanita dari Mesir bernama Najma. Darinya, ia dikaruniai lebih dari 30 anak. Salah satunya adalah Ali ar-Ridha yang akan meneruskan perjuangan Musa melawan kelaliman.